En la década de 1940, las monjas de un remoto convento en una isla escocesa se preparan para una tormenta inminente. Sin embargo, cuando un bebé es abandonado en la puerta de su casa, la Hermana Agnes se convence de que es el Diablo y quiere matarlo. Tras el encierro de Agnes, se producen una serie de acontecimientos sombríos mientras la tormenta arrecia. Mientras sus hermanas comienzan a cuestionar la fe y la realidad, la Hermana Eleanor debe intentar arrepentirse y sobrevivir a los oscuros sucesos en San Agustín.